Skrócenie Titin powodujące rozdęta kardiomiopatia AD 3

Wytyczne w sprawie ludzkich tkanek i za zgodą lokalnych komisji etycznych. 312 pacjentów z idiopatyczną rozdętą kardiomiopatią pochodziło z trzech kohort (patrz Tabela 3 w dodatkowym dodatku, dostępne w pełnym tekście niniejszego artykułu): 92 osoby rekrutowane w Brigham i Szpital Kobiecy (grupa A), 71 osób rekrutowanych podczas oceny transplantacja serca w Royal Brompton i Harefield National Health Service Trust (grupa B) oraz 149 osób, które zostały prospektywnie zrekrutowane w Kolorado lub we Włoszech do rodzinnego rejestru kardiomiopatii rodzinnej (grupa C). Grupy A i C miały wysoką częstość występowania choroby rodzinnej. 231 osób z kardiomiopatią przerostową zostało zwerbowanych w Brigham and Women s Hospital lub Mayo Clinic. Kardiomiopatię przerostową i kardiomiopatię przerostową rozpoznano na podstawie opublikowanych kryteriów.28,29 249 osób z grupy kontrolnej bez kardiomiopatii rekrutowano z wielu miejsc. Żaden osobnik w kohorcie nie miał znanej rodzinnej relacji z jakimkolwiek innym podmiotem w kohorcie. Więcej informacji o kohortach znajduje się w Dodatku Uzupełniającym. Sekwencjonowanie DNA i genotypowanie
Genomowy DNA od każdego osobnika zastosowano do konstruowania bibliotek DNA. Biblioteki DNA wzbogacono o TTN za pomocą opartego na filtrze procesu hybrydyzacji27 z niewielkimi modyfikacjami (tabele i 2 w dodatkowym dodatku) i badano przy użyciu sekwencjonowania pojedynczego końca lub sparowanego końca (z analizatorem genomu Illumina II lub HiSeq) .30 Sekwencję TTN oceniano w grupie C za pomocą tradycyjnego sekwencjonowania Sanger didexy przeprowadzonego na Wydziale Nauk Genomu na University of Washington.
Analizy sekwencji
Tabela 1. Tabela 1. Pacjenci z wariantami obcięcia TTN, według kohorty. Dane sekwencji nowej generacji zostały przeanalizowane za pomocą niestandardowego potoku, który zintegrował istniejące narzędzia, w tym Novoalign (www.novocraft.com) i zestaw narzędzi do analizy genomu, 31, a także Perl (przy użyciu Bio-Samtools) i skrypty R32 . Pierwotne analizy zmienności TTN przeprowadzono wśród osób badanych za pomocą tego samego podejścia (Tabela 1) w celu kontroli różnic w wykrywaniu wariantów. Pozycje aminokwasowe wariantów tytanu zidentyfikowano przy użyciu sekwencji tytanu UniProt (Q8WZ42), a mutacje podano przy użyciu nomenklatury ludzkiego zmienności genomu ludzkiego (tabela 4 w dodatkowym dodatku). Potwierdzenie wariantów i genotypowanie przeprowadzono za pomocą jednej lub więcej z tych metod: amplifikacja reakcji łańcuchowej polimerazy, a następnie sekwencjonowanie dideoksy; trawienie restrykcyjne i elektroforeza żelowa26; i sekwencjonowanie RNA tkanki sercowej
Analiza statystyczna
Analizy asocjacyjne, krzyżowe i między grupami przeprowadzono przy użyciu dokładnego testu Fishera, dokładnych warunkowych testów niezależności lub testów dopasowania do dobroci, o ile nie określono inaczej
[patrz też: ferrytyna badanie cena, neurolog w koninie, co ile oddawanie krwi ]